A farmácia hospitalar vem passando por mudanças significativas nos últimos anos, porém coexistem várias realidades em nosso País, desde farmácias extremamente modernas, prestando toda a gama de serviços, até o outro extremo, com hospitais sem farmacêutico.
O Brasil é um País continental e a farmácia hospitalar enfrenta diversos desafios, como ter farmacêuticos em 100% dos hospitais. Além disso, tem de melhorar a gestão administrativa (estocagem, armazenamento, planejamento, compras etc.). A melhoria da qualidade técnica é outra urgência no que se refere à dispensação, manipulação, participação em grupos multiprofissionais e ações de farmácia clínica.